آیة الله علی اکبر مسعودی خمینی در سال 1310 هجری شمسی در خمین متولد شد. پدرش ـ مرحوم غلامعلی مسعودی ـ به پیشه قنّادی روزگار می‌گذراند. جدّ وی به دلیل اینکه گلپایگان دچار قحطی شده بود، به خمین هجرت کرده و در آنجا ازدواج نموده بود. در خلال این سالها، خداوند به وی فرزندی به نام غلامعلی اعطا می‌کند که در خمین به زندگی می‌پردازد. خانواده آیة الله مسعودی خانواده‌ای ساده و در حدّ متوسط مردم، بلکه پایین‌تر از آنها در زندگی و معیشت بود که در محله سبزی کارها می‌زیسته است. آیة الله مسعودی خمینی، در شش سالگی به امر پدر راهی مکتب خانه شد. در خمین، مکتب داری زندگی می‌کرد که نام او، شیخ ابوالقاسم بود و حضرت امام خمینی (ره) نیز نزد ایشان درس خوانده بود. در مقطعی که آیة الله مسعودی به نزد ایشان می‌رفت، وی هشتاد ساله بود. حضور در مکتب خانه دو یا سه سال به طول انجامید و پس از آن، وی در مدرسه شش کلاسه‌ای در خمین نام نویسی کرد و چون، سال اوّل را در مکتب گذرانده بود، در پایة دوم به تحصیل پرداخت.
از جمله کسانی که در آن دوره در آن مدرسه درس می‌خواندند، آیة الله رضوانی و آیة الله جلالی خمینی بودند که تا پایه پنجم با آیة الله مسعودی، همراه بودند. وضعیت نابسامان معیشتی خانواده، او را بر آن می‌داشت که در کنار درس، به کار نیز بپردازد؛ امّا این مسئله با مخالفت پدر و مادر وی همراه بود. ایشان با وجود کمبودهای مالی، علاقه داشتند که فرزندشان به تحصیل علوم دینی بپردازد و به مسلک روحانیت درآید. علاقه خانواده ایشان به روحانیت به حدی بود، که با آن وضع اقتصادی، هر شب جمعه از مرحوم سید محمدتقی خوانساری پدر آیت الله حاج سید مهدی خوانساری غضنفری دعوت می‌کردند تا به منزل ایشان بیاید و آبگوشت و نان و پنیری با هم تناول کنند. وارستگی و زهد مرحوم خوانساری، در آیة الله مسعودی تأثیر به سزایی داشت و او را بیش از پیش، به در پیش گرفتن مسیر عالمان ربّانی تشویق می‌کرد.
از دیگر کسانی که انگیزه ایشان را برای ورود به حوزه فزونی بخشید، مرحوم حاج شیخ احمد آل طاهر از شاگردان مرحوم عارف واصل آخوند کاشانی در اصفهان بود که برای اقامه نماز و پیشوایی مردم به خمین آمده بود. رفتار و سخنان دلنشین ایشان، کودکِ خردسالِ آن روز را شیفته و حیران خود کرده بود. وی، بعدها جامع المقدمات را نزد ایشان فرا گرفت. با پایان یافتن جامع المقدمات، در سن پانزده سالگی، به اراک رفت و به تحصیل سیوطی و حاشیه ملاّعبدالله پرداخت. با پایان یافتن کتاب معالم، راهی قم شد تا از محضر عالمان آن دیار کسب فیض کند. در قم، مدرسه «دارالشفاء» ساکن شد و با جدّ و جهد دروس سطح را به پایان برد. سپس برای تحصیل درس خارج، از محضر علمای بزرگی همچون امام خمینی (ره) و آیة الله بهجت بهره برد. وی درباره اولین آشنایی با امام (ره) می‌گوید: «یک بار بنده از خیابان ارم قم عبور می‌کردم. وقتی از کنار مسجد محمدیه رد شدم، صدای غرّایی به گوش من رسید. نگاهی به داخل مسجد افکندم و دیدم که آقایی در حال تدریس است و شاگردان زیادی هم دارد. در کنار در ایستادم تا درس استاد تمام شد. بعد از یکی از شاگردان ایشان پرسیدم که ایشان کیست؟ گفت: حاج آقا روح الله خمینی است».
آیة الله مسعودی، در کنار تحصیل فقه و اصول، دروس دیگر حوزوی از جمله فلسفه و تفسیر را در محضر عالمان وارسته‌ای همچون علامه طباطبایی می‌آموخت و در جلسات اخلاقی، استادان بزرگ حوزه همچون حاج آقا حسین فاطمی که شبهای پنج شنبه در منزل جلسه‌ای اخلاقی داشت با جدّیت شرکت می‌نمود تا علم را با عمل توامان سازد. آیة الله مسعودی خمینی در دوران تحصیل خود، به محضر استادان بسیاری شرفیاب شد. ایشان در خمین، جامع المقدمات را نزد مرحوم شیخ احمد آل طاهر فرا گرفت و بخشی از «صمدیه» را که به دلیل برخورد با فصل تابستان باقی مانده بود، نزد آقای صدر که از اقوام امام (ره) بود، خواند. در اراک، حاشیه ملاعبدالله را نزد سید علی اراکی آموخت و مطول را نزد استاد ارجمند میرزا جعفر سبحانی آموخت و بخشی دیگر آن را نزد آقا شیخ حسین بادکوبه‌ای فرا گرفت.
با آمدن به قم، معالم را که در اراک فرا گرفته بود، دیگر بار نزد میرزا جعفر سبحانی آموخت. مقداری از شرح لمعه را نزد امام موسی صدر و بخشی را نزد آیت الله شیخ جواد تبریزی خواند و نیز رسائل و مکاسب را نزد آقایان مشکینی، شیخ اسدالله اصفهانی و شیخ عبدالجواد جبل عاملی اصفهانی فرا گرفت. قسمت عمده کفایه را نیز نزد شیخ عبدالجواد جبل عاملی اصفهانی آموخت. برای فراگیری منطق، به نزد آقای سید جلال آشتیانی رفت و منظومه را نزد آقای فکور و ملکوتی و نیز حاج آقا رضا صدر فرا گرفت. برای تحصیل اسفار و تفسیر نیز در درس علامه طباطبایی شرکت نمود. وی برای تحصیل درس خارج از محضر عالمان بزرگی همچون امام خمینی (ره)، آیة الله گلپایگانی و آیة الله بهجت بهره برد. وی درباره درس امام (ره) می‌گوید: «یکی از خصوصیات حضرت امام این بود که شاگردان خود را وادار به مطالعه می‌کرد. دلیل آن هم این بود که حضرت امام در خلال درس از کلمات بزرگانی همچون آقایان نائینی، آقاضیاء عراقی و آقای کمپانی استفاده می‌کردند و لازم بود که شاگردان ایشان به منابع و مأخذ مربوطه رجوع کرده و خود، عین عبارت بزرگان یاد شده را ملاحظه کنند. از دیگر خصوصیات امام این بود که شاگردان را وادار به اظهار نظر می‌کرد و معتقد بود هر یک از آقایان در موردی از موارد که دیدگاهی دارد، باید زمینه را برای اظهار آن مهیا ببیند».
درباره شیوه تدریس آیة الله بهجت نیز می‌گوید: «در خصوص شیوه تدریس آقای بهجت باید بگویم که ایشان بر خلاف سایر آقایان، این گونه نیست که در درس خارجشان، به نقل و نقد نظرات امثال مرحوم نائینی و آقاضیاء عراقی و مرحوم آخوند و مرحوم فشارکی و مانند آن بپردازند. ایشان شیوه دیگری دارند و آن، این است که ایشان بحث را شروع می‌کنند و دیدگاه خود را مطرح می‌کنند و برای آن استدلال می‌کنند. در این حال خود شاگرد باید بررسی کند که دلایل استاد، ردّ نظریة کدام یک از علماست».
آیة الله مسعودی خمینی، از محضر چند تن از علما برای امور حسبیّه، اجازه دریافت نمود. اولین اجازه ایشان، از حضرت امام (ره) بود. پس از ایشان نیز، از آقایان گلپایگانی و بهجت نیز اجازه دریافت کرد. وی در دوران تحصیل، با طلاب و فضلای بسیاری رابطه دوستانه داشت که از آن میان می‌توان آیة الله جلالی خمینی، آیة الله رضوانی و آیة الله مصباح یزدی را نام برد. آیة الله مسعودی خمینی در پیش و پس از انقلاب خدمات علمی و فرهنگی شایانی را به جامعه علمی و فرهنگی کشور ارزانی داشت. وی، در حین تحصیل در حوزه علمیه، کتابهایی را که از پیش فرا گرفته بود، تدریس می‌کرد. از جمله کتاب جامع المقدمات را به طلاب نوآموز یاد می‌داد و به تدریس کتاب حاشیه ملاعبدالله در مسجد محمدیه قم می‌پرداخت که با استقبال فراوان طلاب روبه رو شد، به گونه‌ای که مسجد، مملوّ از جمعیت می‌شد. از دیگر کتابهایی که ایشان سالها به تدریس آن مشغول بودند، کتاب شرح لمعه و معالم بود که ثمره این تلاشها، تربیت طلاب فاضل و با تقوا در حوزه علمیه قم بود. همچنین ایشان در طول این سالها، تألیفات و یادداشتهای فراوانی نیز داشته که از جمله کتاب «خمس» را می‌توان نام برد که بخش عمده آن در حادثه‌ای از بین رفت و دیگر «تقریر مبحث دماء ثلاثة» امام خمینی (ره) است که به چاپ رسیده است.
از خدمات مهم فرهنگی آیة الله مسعودی خمینی، تصدی تولیت آستانه مقدسة حضرت معصومه سلام‌الله علیها و خدمات فراوان به آن است. بارگاه ملکوتی حضرت معصومه سلام الله علیها که در روایات آشیانه آل محمد(ص) معرفی شده، یکی از مهم‌ترین پایگاههای شیعه است. عنایت کریمه اهل بیت و فیض حضور او در شهر قم، این شهر را به شهری عالم پرور و سرچشمه مبارزات برای تحقق جمهوری اسلامی ایران قرار داده است و خدمت به این مرکز مهمّ، خدمت به شیعه، حوزه علمیه، انقلاب اسلامی و پاسداشت خون شهیدان راه استقلال و آزادی است. آیة الله مسعودی خمینی، پس از تصدی تولیت آستانة حضرت معصومه سلام الله علیها که با حکم مقام معظم رهبری همراه بود، به عمران و گسترش آن همت گماشتند و با بازسازی و مرمّت بخشهایی از آن، میراث فرهنگی بزرگ شیعه را پاس داشتند. ایشان در طی این سالها، موقوفات آستانه را که بخشی از آن به دلیل اهمال از دست آستانه مقدسه خارج شده بود، به حرم مطهّر باز گرداندند. همچنین با گسترش کتابخانه حرم، هم از نظر مساحت و هم از نظر تعداد کتب پرداختند، به گونه‌ای که کتابخانه را به مکان شایسته‌تر و تعداد کتب را از حدود بیست و دو هزار به شصت و پنج هزار جلد رساندند و حدود پانصد نسخه کتاب خطی نفیس برای آن تهیه کردند. با تلاش و پیگیری ایشان گنبد مطهر حرم پس از دویست و ده سال تعویض و با بهترین طلا بازسازی گردید. همچنین صحن و مسجد جدید در جوار حرم مطهر که از پروژه‌های معظم در توسعه حرم می‌باشد توسط ایشان بنا گردید.
از دیگر خدمات ایشان در این عرصه، راه اندازی انتشارات حرم و چاپ کتب مذهبی متعدد و نیز چاپ نشریه‌ای به صاحب امتیازی آستانه مقدسه بود که زائران حرم مطهّر، از آن بهره می‌برند. حرمی که آشیانه آل محمد(ص) می‌باشد، باید به پیروی از اهل بیت علیهم السلام، رسیدگی به حال محرومان و مستضعفان را سرلوحه کارخویش قرار دهد و پناهگاه نیازمندان و درماندگان باشد. در این زمینه، حرم مطهر، طرحهای گسترده‌ای را به انجام رسانده است که همه حکایت از تلاش بی وقفه مسؤولین آن، بویژه آیة الله مسعودی دارد. از تلاشهای دیگر ایشان در امور فرهنگی آستانه مقدسه، فراهم آوردن زمینه برای بهره مندی زائران از سخنان علماء و واعظان و مداحان برجسته و نیز برگزاری جلسات مختلف، از جمله دعای ندبه، کمیل و توسل بوده است. همچنین ایشان به نگهداری و بهینه سازی موزه حرم مطهر همت ویژه‌ای گماشته، آن را به مرکزی دیدنی و یادگار عشق مردم ایران به خاندان پیامبرگرامی اسلام (ص) تبدیل نموده است. او همچنین اشیاء گران قیمت که در رژیم سابق پراکنده شده بود را به موزه آستانه مقدسه عودت داد.
آیة الله مسعودی خمینی، در پیش و پس از انقلاب خدمات سیاسی فراوانی را برای تحقّق انقلاب اسلامی و تداوم آن انجام داده است که ذکر همه آنها در این مختصر نمی‌گنجد. او مانند بسیاری دیگر از عالمان و مجاهدان قرن اخیر، تفکر و خط مشی امام خمینی (ره) را در مبارزه سرلوحه خویش قرار داده و در مواقع حساس و مهم، تابعیت خود را از زعیم عالیقدر شیعه به اثبات رسانده است. شخصیت امام (ره) و شجاعت و صلابت او به حدّی بود که اطرافیان و دیگر مبارزان را سخت تحت تأثیر خود قرار می‌داد. وی درباره شجاعت امام (ره) می‌گوید: «بنده در مدتی که خدمت ایشان بودم، هرگز مشاهده نکردم که بی دلیل و صرفاً از سرهوای نفس، عصبانی شوند. در عوض هر جا که پای دین و دیانت و حفظ ارزشهای انسانی و اسلامی به میان می‌آمد، رگهای گردنشان متورم می‌شد و فریاد می‌کشیدند. در سنوات مبارزه، شدیدترین اعتراضات را به شاه آمریکایی نمودند؛ امّا در قبال بی مهری دوستان صبور و حلیم بودند. اگر کسی ایشان را آن گونه که در خورشان بود، تعریف نمی‌کرد یا برای مثال به ایشان آیة الله العظمی نمی‌گفت، ایشان به اندازة سرسوزنی دلگیر نمی‌شد و تغییری در رویّه شان مشاهده نمی‌گردید».
همچنین درباره ساده زیستی امام (ره) می‌گوید: «به خاطر دارم که در سنه چهل، و چهل و یک، حضرت امام مُهری در اختیار داشتند که در ذیل جواب به استفتائات و مانند آن، مورد استفاده قرار می‌دادند، منتها برای آغشته کردن قسمت برجستة مُهر به جوهر، به علت نداشتن استامپ همواره مشکل داشتند و این مشکل را به نحوی تحمل می‌کردند تا اینکه یک بار بنده به ایشان عرض کردم که اگر اجازه بدهید، من کاری می‌کنم که زحمت شما کمتر شود. فرمودند: چه کار می‌کنی؟ عرض کردم، شما اجازه بدهید. مطمئناً راضی خواهید شد. ایشان هم اجازه دادند. بنده استامپی تهیه کردم و در اختیار ایشان گذاشتم. امام از قیمت استامپ سؤال کردند و نگران قیمت بالای آن بودند؛ ولی در نهایت مورد قبول واقع شد و ایشان از آن به بعد، مهرشان را که در سینه آویز کرده بودند، در می‌آوردند و به استامپ می‌زدند و استفاده می‌کردند».
آیة الله مسعودی خمینی از سالهای اولیه مبارزه امام (ره) بر ضد رژیم شاه، با ایشان همراه بود و در سخنرانیهای خود همواره شاه و دار و دسته‌اش را منکوب می‌کرد. وی، پس از هجرت امام به نجف، با زحمت فراوان از مرز ایران خارج شد و با تحمل مشقّات در نجف به دیدار امام (ره) شتافت. سپس به بیان مشکلات موجود در راه و توسل به امام زمان (عج) برای رهایی از آن مشکلات و رسیدن به نجف پرداخت. امام نیز با شنیدن سخنان او، فرمودند: «هر کس را بخواهند، به مقصد می‌رسانند». پس از بازگشت از نجف، به دستور امام خمینی (ره) عازم سیرجان شد تا به حل مشکلات مردم و آماده‌سازی آنان برای انقلاب بپردازد که این اقامت، چهار سال به طول انجامید. از اقدامات مؤثر ایشان در سیرجان، تأسیس حوزه علمیه آن شهر و نیز دعوت از طلاب و مبلغین قم برای سخنرانی در سیرجان در ایام ماه رمضان، محرم و صفر بود. خدمات ایشان و نیز افشاگریها و سخنرانیهای حماسی، منجر به بازداشت، ممنوع‌المنبر شدن و حتی ممنوع الکلام شدن ایشان شد. از این رو وی را به کرمان برده با آرشام رئیس ساواک وقت روبرو شدند. چند روزی در زندان کرمان مانده لیکن با راهپیمائی مردم سیرجان آزاد شدند و تعهد گرفتند که در سیرجان نمانند.
بخشی از فعالیت سیاسی آیة الله مسعودی در دهة پنجاه، به مبارزات با جریانات انحرافی و التقاطی معطوف بود. در این دوره آیة الله مسعودی با همراهی آیة الله مصباح یزدی، به افشای طرح دشمن برای تحریف جریان مبارزه و حمایت از تز اسلام منهای روحانیت می‌پرداخت و بر پیروی از خط مرجعیّت و روحانیّت و انقلاب صددرصد اسلامی پای می‌فشرد. از فعالیتهای مهم ایشان در آستانه پیروزی انقلاب، شرکت در تحصن علما در دانشگاه تهران و نیز عضویت در کمیته استقبال از امام (ره) بود. همچنین آیة الله مسعودی، از افرادی است که در تشکیل جامعه مدرسین و سازماندهی مجدد آن نقش بسزائی داشته است.
وی درباره چگونگی تشکیل جامعه مدرسین، می‌گوید: «تاریخچه جامعه مدرسین بسیار جالب است و باید در فرصت مقتضی بدان پرداخته شود. شاید پیش از این گفته باشم که هسته اصلی جامعه، قبل از نهضت امام خمینی نهاده شد. عدّه‌ای از دلسوزان دور هم جمع شدند و در این باره صحبت کردند که حوزه بایستی درب و دروازه داشته باشد و صاحب نظم و انتظامی شود. این هسته عبارت بودند از آقایان: مصباح، رشیدپور، سید ابراهیم خسروشاهی، امینی، مرحوم شیخ محمدعلی قمی و بنده. حدود ده جلسه در خصوص ضرورت تشکیل جامعه مدرسین بحث و تبادل نظر شد و تصمیم بر این شد که نزد بزرگان حوزه و مراجع برویم و به خصوص درباره سطح پایین اخلاق در حوزه گلایه کنیم و بخواهیم که برای رفع این مشکل اقدامی کنند. از این رو چند نفر خدمت حضرت امام و سایر مراجع رسیدند که تنها از سوی حضرت امام جواب مثبت شنیدند... در روز اوّل که بنا شد جلسه جامعه تشکیل شود، به هزار تومان پول نیاز داشتیم و جمع ما که مرکب از حدود چهل تن از علمای بزرگ بود، این وجه را در اختیار نداشتند. آقای مؤمن ابراز کرد که خوب است از شهریة خود آقایان این وجه تهیه شود. هر کدام از اعضا مقداری از این وجه را تقبّل کردند و کار را با هزار تومان شروع کردیم. بحث درباره کارهای مثبت جامعه مدرسین در طول سالهای قبل و بعد از انقلاب بسیار مفصل است».
در آن سالها، جامعه مدرسین اقدامات مهمی را بر ضد رژیم شاه به انجام رساند که از جمله می‌توان به خلع ید شاه از حکومت اشاره کرد که موجبات شادی دلِ امام (ره) را فراهم نمود. پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی، آیة الله مسعودی، در مدرسه رفاه، در خدمت امام بود و با تشریف فرمایی امام به قم، به همراه ایشان به قم آمد. آیة الله مسعودی در طول سالهای دفاع مقدس، بارها در کنار رزمندگان حضور یافت و همواره مدافع اسلام و انقلاب بود. ایشان هم اکنون تولیت آستانة مقدسة حضرت معصومه را بر عهده دارد و به خدمت به زائران کریمه اهل بیت می پردازد.